DNA测序仪目前主要供研究之用，是生物学家们所能购买的较为昂贵仪器之一，然而，在美国政府削减研究经费且未来的经费前景也不容乐观之际，许多研究机构正暂缓购置设备，仪器生产商受到重创。 据《自然》杂志在线新闻报道，在经历了2011年第三季度市场销售下滑后，许多测序仪制造商开始裁员和削减成本，同时寄希望于医学诊断需求的扩大能有助于市场的繁荣。
迄今为止，DNA测序仪制造商或测序服务在美国的主要用户是受政府资助的研究人员，特别是获国立卫生研究院（NIH）资助的研究人员。然而，尽管NIH在2011年的预算只比2010年少1%，分析家们预测政府在2012年和2013年的预算还会有更大幅削减，对测序仪市场产生冲击。
由于担心政府资金减少，研究机构将更谨慎地开销。日前由在线出版物基因组网和东京投资银行瑞穗证券发布的报告指出，在接受调查的94位基因组科学家中，58%的人表示他们因经费紧缩而推迟购买仪器;42%的人表示在未来1年里不会购买新DNA测序仪。
位于加州卡尔斯巴德的生命技术公司表示，得益于离子洪流机器的强劲销售，公司2011年第三季度的销售比2010年同期增加7%，但考虑到未来的困难，公司仍计划裁员并削减成本。今年9月，位于加州门洛帕克的太平洋生物科学公司被迫裁减28%的员工，约130人，并降低其2011年的收益预测。
新一代基因组测序仪可应用于临床遗传风险的筛选和遗传疾病的诊断。在现实令人忧心、未来不容乐观的情形下，许多测序公司将目光对准了生物医学的新市场。比如，荧光公司设立了商业部，促进其工具在临床诊断中的应用。与此同时，生命技术公司宣布将推出一项帮助预测患者对一种新癌症药物个体反应的基因试验，该药由总部位于英国的制药公司葛兰素史克研制，已进入第三期临床试验;生命技术公司还表示将在俄罗斯开展一个900万美元的医学分析仪器系统销售计划。
