HPLC技术主要应用是在临床药学和临床生理学中。临床药学主要是治疗药物监测(TDM)和药代动力学。HPLC之所以在TDM中占有重要地位。其主要原因是：
    (1)可以同时监测不同种类的药物。
    (2)一次进样可同时分析原药及代谢产物。
    (3)分离和定量同时进行．具有较高的准确性和度。此外HPLC还具有*的经济效益比，花费远远低于其它传统方法。目前用HPLC分析临床常用药物 超过数百种。已广泛用于TDM中的如抗癫痫药，抗心律失常药。茶碱．扑热息痛，环孢霉索等。在临床生理研究方面，许多复杂化合物或内源代谢物也可用 HPLC法分析。如血中儿茶酚胺、氨基酸、激素、前列腺素、多肽、核酸等。
此外HPLC还可应用到临床诊断中，如在新生儿疾病筛查中，开发了血红蛋白病的Hb，苯丙酮尿酸症的PKU，成神经细胞瘤等方法。
    需要注意的是临床样品都是生物样品，如血、尿、痰、体液等，成分复杂，性质各异，生物大分子多，必须进行适当的处理，去除某些干扰物。处理时严格按要求去做，否则会导致实验失败或造成柱的阻塞，甚至报废。