只有20%样品可不经化学处理而能满意地用气相色谱分离，80%的有机化合物要用液相色谱分析。

 气相色谱中流动相是惰性的，它对组分没有作用力，仅起运载作用、而液相色谱的流动相不仅起运载作用，而且流动相对组分有一定亲合力，可以通过改变流动相种类和组成提高分离的选择性，另外可作流动相的化合物多，选择余地广。

与气相色谱相比，液相色谱仪的另一个优点是样品的回收比较容易，只要开口容器放在柱子末端，就可以很容易地将所分离的各组分收集。回收是定量的，可以用来提纯和制备具有足够纯度的单一物质。

液相色谱不足的是，日前检测器的灵敏度不及气相色谱。必须特别注意“柱外效应”对柱效率及色谱分离的影响。