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生物安全柜的选择较为基本取决于生物试验中所使用的试验品类型：
如果生物试验中只涉及微生物样品，可以使用基本类型的生物安全柜；2、如果生物试验中涉及了微生物样品和微量化学试剂（非腐蚀性），使用装备外排管道的安全柜是必要的。因为HEPA过滤器并不能有效过滤清除化学气体，如果不能外排，将对实验室内工作人员和环境造成威胁；3、如果生物试验中涉及了细胞毒素类药物，例如各类癌症治疗药物，必须使用的细胞毒素安全柜。
另外，需要明确了解生物安全柜与通风柜/*净工作台的区分。通风柜和*净工作台不属于生物安全柜，不可使用在涉及微生物材料的实验或生产过程中。通风柜（通风橱）是为在化学实验过程中清除腐蚀性化学气体和有毒烟雾而设计的。由于没有装备HEPA过滤器，通风柜不能有效清除微生物介质。放置在通风柜内微生物样品会散播到柜外，污染实验室环境。
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