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显微注射系统是指在高倍倒置显微镜下，利用显微操作器，控制显微注射针在显微镜视野内移动的机械装置，用来进行细胞或早期胚胎操作。全系统能和各类显微镜操作系统适配，应用于悬浮细胞的显微操作、小的组织或早期发育胚胎显微注射以及卵细胞、小鼠胚胎的显微注射。配合手动显微注射仪进行固定悬浮细胞的显微注射、转移细胞器、抽吸细胞等方面。
显微注射系统主要由以下部分组成：
显微镜：配备有高精度显微镜，能够对微小的样本进行观察和定位，从而准确地将液体注射到感兴趣的位置上。
注射器：的注射器通常具有非常细的针头，能够准确地控制注射的体积和速度。
注射器控制器：注射器控制器可以控制注射器的运动和注射速度，从而实现液体的准确注射。
美国MINJ数字显微注射系统可用于转基因，IVF，胞质内单精注射（ICSI）等精确显微注射，可以直接连接到实验室压缩空气喷嘴上，也可以使用TREG-N2等压力调节器连接到压缩氮气瓶上。该系统被设计为使用最少的气体，所以即使是一个小钢瓶也可以使用数月或数年。
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