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梯度PCR仪相较于传统PCR仪，其核心优势在于温度梯度功能对实验效率的显著提升。传统PCR仪通常只能提供单一温度控制，整个反应过程中所有样品处于相同温度条件，这限制了对不同退火温度的探索和优化。若需测试多个退火温度，必须多次运行实验，耗时耗材且效率低下。
而梯度PCR仪则具备更先进的温度控制功能，可在同一实验中设置多个温度区域（梯度），允许不同样品或反应孔在不同退火温度下进行反应。这种设计使得研究人员能够一次性测试多个退火温度，快速找出适合的退火温度，从而显著提高实验效率。通过一轮PCR扩增即可设置一系列不同的退火温度条件（通常可达12种），避免了多次独立实验的重复工作。
此外，梯度PCR仪的温度梯度功能还使得研究人员能够更全面地评估不同温度下PCR反应的效果，有助于优化PCR反应条件，提高扩增产物的数量和质量。这种优化不仅节省了时间和资源，还提高了实验的特异性和成功率。
以赛默飞Proflex3×32梯度PCR仪为例，其三梯度温控系统可在同一运行中提供三个独立的温度梯度区间，能精确找到适合的退火温度，获得最佳扩增效果。同时，其灵活的反应孔配置和精准的温控与快速热循环技术，进一步提升了实验效率。
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